De ontwikkelaars Raymond Irving en Ryan Thrash begonnen het MODX CMS-project in 2004 als een mashup van DocVars voor de toevoeging van Etomite en dat de webgebruiker Raymond's er ook bij kwam. In maart 2005 zijn alle verwijzingen naar "MODX" verwijderd van de Etomite-forums, gekoppeld aan een verzoek van de oprichter om daar MODX-ondersteuningsactiviteiten stop te zetten. Op dit punt werd MODX een fork van Etomite.
In mei 2005 waren de MODX-fora online en Jason Coward voegde zich bij het projectleidersteam. In 2007 verliet Raymond het project op een vriendschappelijke manier. Het jaar daarop trad Shaun McCormick toe tot het projectleidersteam.
In 2008 hebben MODX-gebruikers een nieuw logo en merknaam voor het project gemaakt.
MODX logo's door de jaren heen
In 2010 werd de eerste versie van MODX Revolution, een complete 'rewrite' van het CMS, uitgebracht. MODX LLC werd opgericht in mei 2010. Deze periode vond ook de eerste officiële MODX-conferentie plaats, de MODXpo Dallas. De hoofdsponsor van het evenement was Microsoft.
In juli 2012 werd ClipperCMS, een onafhankelijke fork van MODX Evolution (MODX 1) gelanceerd.
In oktober 2012 lanceerde MODX LLC MODX Cloud, een cloud-gebaseerde hostingservice voor MODX-sites.
In maart 2013 heeft MODX LLC MODX Cloud opgesplitst in een ander bedrijf, SiphonLabs. De onderneming bood ook WordPress-hosting aan. Deze scheiding was van korte duur en MODX Cloud werd in juli 2013 opnieuw geïntegreerd in het moederbedrijf.
In juni 2013 lanceerde Mark Hamstra, een bekende ontwikkelaar in de MODX-community, modmore. Dit bedrijf is de eerste belangrijke bron van premium add-ons voor MODX. In november van dat jaar vond de tweede officiële MODXpo plaats in Keulen, Duitsland.
In januari 2014 is MODX toegevoegd aan de installatiebibliotheek van BitNami. John Peca kwam bij het kernontwikkelingsteam, ter vervanging van Shaun McCormick die een andere toekomst koos na het SiphonLabs-gebeuren.
In juli 2014 werd MODX 2.3 vrijgegeven voor het publiek. De release, de grootste sinds meerdere jaren, bevatte een aanzienlijk bijgewerkte managerinterface en verschillende kleine verbeteringen van functies. In september van dat jaar organiseerde modmore het eerste MODX Weekend in Zeist, Nederland.
In augustus 2015 werd MODX 2.4 vrijgegeven aan het publiek. Deze versie introduceert 'package dependencies' voor MODX Extras, evenals talrijke verbeteringen op het gebied van beveiliging, stabiliteit en prestaties.
In november 2015 werd de MODXpo-conferentie in München, Duitsland georganiseerd door Ben Davis i.s.m. Kochan & Partner. Er waren sprekers uit heel Europa en de Verenigde Staten die deelnamen aan een driedaagse expositie gericht op MODX en de toekomst van het platform.
In februari 2016 werd MODX 2.5 vrijgegeven aan het publiek.
In november 2017 werd MODX 2.6 vrijgegeven voor het publiek.
In juli 2018 werd de alpha-versie van MODX 3 uitgebracht.
In juli 2018 werd een gratis exemplaar met de naam FRED voor visuele bewerking en creatie van drag-and-drop content uitgebracht - voor versie 2.6 en 3 van MODX.
In november 2018 werd MODX 2.7 vrijgegeven voor het publiek, vooralsnog de laatste versie MODX Revolution.
In de tweede helft van 2020 heeft MODX agency Sterc als eerste de nieuwe versie van MODX gelanceerd: MODX3. Deze vernieuwde versie is gebruiksvriendelijker, veiliger en nog sneller dan de vorige versie.